然而，矮砧密植苹果园的发展也并非一帆风顺，不少地方的果园在种植和管理过程中，出现了一些问题需要引起重视：

首先是品种和砧木。很多果农在发展矮砧密植苹果时，不知道所在产区到底该种植哪些品种，适合哪些砧穗组合。目前最多的品种还是富士，相对比较单一。有的企业从国外引进品种，结果其性状和品质不适合我国消费者的口味，不得不考虑高接改换其他品种。有的砧穗组合在一些地区表现很好，但在另一些地区则不好。如几种常见的砧木，如山定子、八棱海棠、平邑甜茶及SH系中间砧的组合在新疆一些地区表现严重的黄叶病，不得不改换其他组合。

二是树形。不少果农了解了矮砧密植苹果的优点，开始尝试种植，有些是得到当地政府的财政补贴也开始种植矮砧苗。但由于他们不清楚矮砧果树的管理方式，仍然按照乔砧的三大主枝的模式进行修剪管理，结果形成小老树。还有的是拉枝开角工作未做到位，树冠直立，侧枝粗壮，光长枝很少结果，未能发挥出矮砧密植模式所应该达到的效果。

三是土肥水管理。一年中应该施多少肥、浇多少水，以及何时施肥和浇水，土壤和树体到底是怎样的养分水平，需要补充多少养分不是很清楚。尤其是企业管理的果园，虽然产量并不一定低，但是商品果率不高。常出现的问题包括果实不上色，果实偏大或偏小。果实早期脱落或开裂，冬前不停长、不落叶，养分回流差，春季易发生僵芽、抽条或严重的冻害。因肥水管理不当造成烧根、死苗和黄叶的果园也很多。

四是病虫防控。栽树时拖的时间太长，再加上水分供给不及时，很多果园刚栽上树就发生严重的干腐病，造成大量死苗。成活的植株则成为田间带菌植株，不但自身生长受到很大影响，同时还向外传播很多病菌，引起更严重的发病。我国东部果区经常见到果树还未结果，轮纹病病斑已经到达侧枝的情况，很多树已经成为小老树。在枝干轮纹病发生严重的果园要想开展无袋栽培非常困难。根据我们的试验表明，如果药剂保护不到位的情况下，夏季一次降雨造成的侵染，可造成多达20%的烂果。随着矮砧密植园的推广，病毒病的发生呈上升态势。主要由于矮砧苗木尚未实现完全脱毒，加上矮砧树的长势本身不如乔砧树势强，病毒病（尤其是花脸病）的表现就更为突出。研究已经表明，海棠种子本身就有一定的带毒率，嫁接又是重要的传带途径，无论是砧木、中间砧还是品种，只要有一个材料带有病毒，整株苗木即为带病株，果树在生长过程中，通过根的接触以及修剪工具还能造成株间传染。因此，培养脱毒苗木是一个需要尽快解决的问题。一些企业从国外引进苗木，由于缺乏严格的植物检疫，加大了黑星病、火疫病传入的风险。黑星病虽然在我国早就有发生，但多年来并未成为主要病害，我们担心一旦引入强致病力类型被引入，加上近年很多地方降雨量增多，该病有可能上升为一个主要病害。火疫病是由病原细菌引起的一类流行性病害，在欧美国家发生比较普遍，可侵染枝梢、叶片、花和果实，对果业为害极大。对此病一定要引起高度重视，尤其是从外地引进苗木时，一定要了解该病在树苗繁殖区域的发病情况，避免从疫区引种，以免将病害从病区带入，这是当前控制该病传播蔓延的最根本措施。

五是采后处理与贮藏加工。这两年果品价格偏低，反映出我国苹果的总量已经很多，但是高质量果实还偏少。随着洋水果大量进入我国市场，更加剧了水果质量上的竞争。要出口或进入高端市场，除保证果品外观质量外，还要求果品大小要一致，并且能够周年供货。我国在果品分选加工和气调储藏方面都处于起步阶段，果品深加工能力还比较薄弱。虽然果汁加工能力很强，但加工厂的分布还不广泛，使加工果实的运输成为问题，再者，近几年浓缩果汁在国际市场上的价格也偏低，影响了加工企业收购果实的数量。

六是果园设施。果园立支架是很多矮砧密植园的基本配置，有些果园虽然立了钢架或水泥柱，但存在支架较细，底座埋得不深，防锈蚀措施不到位等问题。一旦遇到强风暴雨，就容易发生倒伏。另外，多数矮砧园未设防鸟网和防雹网，很多果园鸟害严重，一般造成5%左右的损失，严重时能超过10%，而一旦遇到大的冰雹则造成100%的损失。

七是组织管理。我们所接触和了解到国外的一些果园，多是由小到大逐步发展起来的，果园主一般都懂技术、懂管理、懂市场，果园面积以二三百亩为多，同时社会化技术服务体系较完善。我国则呈两级，绝大多数果园面积较小，较难实现规模化管理，而有些企业经营的果园面积又很大，多数在上千亩或上万亩，由于企业负责人都属于跨行业经营，需要聘请技术人员，而满足条件的技术人员相对较少，刚毕业的大学生在技术上不成熟，又不愿意在农村艰苦的环境条件下工作，使果园技术管理缺乏有生力量。所雇佣的一般工人往往存在责任心不强、技术容易走样，导致果品产量和好果率大幅降低，影响果园效益。

发达国家从事矮砧密植已有半个多世纪的历史，在此过程中逐渐克服了很多问题和挑战，形成了比较完备的种植和管理体系。我国从事矮砧密植栽培历时很短，出现以上问题在所难免，这也是在发展过程中必须要补的必修课。这里提出这些问题，旨在提醒果农和企业尽早注意克服，争取少走弯路。

在果园观摩中，也发现一些按照矮砧高纺锤树形管理的乔砧果园也取得了不错的效果。有些砧穗组合本身长势中庸，乔砧可能更适合其生长，还有很多地区土壤有机质含量低、土层薄、灌溉条件不好，乔砧树按照矮砧的模式来管理是否更适合也很值得探讨。